万年县纪委县监委组织机构包括：内设机构、事业单位、派驻（出）机构和县委巡察工作领导小组办公室。
内设机构具体为：办公室、组织部（纪检监察干部监督室）、宣传部（研究室）、党风政风监督室、信访室、案件监督管理室、第一至第四纪检监察室、案件审理室。
事业单位：行政投诉中心
派驻（出）机构 ：
1、驻县委办纪检监察组
2、驻政府办纪检监察组
3、驻人大机关纪检监察组
4、驻政协机关纪检监察组
5、驻司法局纪检监察组
6、驻法院局纪检监察组
7、驻检察院纪检监察组
8、驻教体局局纪检监察组
9、驻自然资源局纪检监察组
10、驻卫健委纪检监察组
11、驻农业农村局纪检监察
12、驻公安局纪检监察组
13、县中医院纪委
14、县人民医院纪委
15、县万年中学纪委
16、县万投集团纪委
17、县万年一中纪委
县委巡察工作领导小组办公室（县委工作机关，办公室设在县纪委。）

内设机构职能简介：
（1）办公室：负责机关日常运转工作；筹备组织重要会议活动；组织起草县纪委县监委有关文件文稿；督促检查有关工作部署的落实情况。
（2）组织部：根据干部管理权限，负责纪检监察系统领导班子建设、干部队伍建设和组织建设的综合规划、政策研究、制度建设和业务指导；负责有关干部人事工作；组织和指导全县纪检监察系统干部教育培训工作；协调办理县管干部任职前回复县委组织部意见工作；负责离退休干部工作等。
（3）宣传部：负责组织协调全县全面从严治党、党风廉政建设和反腐败宣传教育以及廉洁文化建设工作；负责机关的新闻事务和有关网络信息工作；负责综合分析全县全面从严治党、党风廉政建设和反腐败工作情况，开展政策理论及重大课题调查研究；起草重要文件文稿。
（4）党风政风监督室：负责综合协调贯彻执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等情况的监督检查；综合协调党的政治纪律和政治规矩执行；综合协调贯彻落实中央八项规定精神、纠正“四风”工作；综合协调整治群众身边和扶贫领域的腐败和作风问题；综合协调党内监督、党的问责等方面工作，推动管党治党政治责任落实；综合分析党风政风监督工作情况，开展调查研究，提出工作建议；组织开展党风政风监督专项检查活动；指导全县纪检监察系统的党风政风监督工作等。
（5）信访室：负责受理对党的组织、党员违反党纪行为和对行使公权力的公职人员职务违法、职务犯罪行为等的检举、控告；归口受理对县委管理的党的组织和党员干部违反党纪、职务违法和职务犯罪行为等的信访举报，统一接收县纪委县监委派驻机构和乡镇纪委监察办报送的相关信访举报；受理党员对县纪委作出的党纪处分或者其他处理不服的申诉、监察对象对县监委作出的涉及本人的处理决定不服的复审申请；综合分析信访举报情况；接待群众来访，处理群众来信和电话网络举报事项等。
（6）案件监督管理室：负责对监督检查、审查调查工作全过程进行监督管理，履行线索管理、组织协调、监督检查、督促办理、统计分析等职责；统一受理有关单位移交的相关问题线索及下级纪检监察机关线索处置和案件查办报告；归口管理审查调查工作中与有关部门的联系协调事项；对调查措施使用进行监督管理，监督检查纪检监察机关依纪依法安全办案情况等。
（7）第一至第四纪检监察室：主要履行依纪依法监督的职责。监督检查联系单位领导班子及县管干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规，推进全面从严治党，依法履职、秉公用权、廉洁从政从业以及道德操守等方面的情况；监督检查联系单位党组（党委）落实管党治党主体责任的情况，指导、检查、督促纪委监委（派驻、派出机构）落实纪检、监察责任，实施问责；向有关党组织或者单位提出纪律检查建议或者监察建议；承办涉嫌严重违纪或者职务违法、职务犯罪问题线索的初步核实和立案审查调查，以及其他比较重要或者复杂案件的初步核实、审查调查，并提出处理建议；可以办理下一级监察机关管辖范围内的监察事项，必要时也可以办理所辖各级监察机关管辖范围内的监察事项等。
（8）案件审理室：负责审理县纪委县监委直接审查调查和纪检监察机关报批或者备案的违反党纪和职务违法、职务犯罪案件；承办党员对县纪委作出的党纪处分或者其他处理不服的申诉案件、监察对象对县监委作出的涉及本人的处理决定不服的申请复审案件，以及其他需要由县纪委县监委办理的申诉、复核案件等。
（9）纪检监察干部监督室：负责监督检查全县纪检监察系统干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等方面的情况；受理对有关纪检监察干部涉嫌违反党纪、职务违法和职务犯罪等问题的举报，提出处置意见并负责问题线索初步核实及立案审查调查工作等。